最终，长门还是没有忍心放任小晴这个相处了三个月的小姑娘一个人去送死，更不忍心看到小晴独自去面对一个悲惨的结局。
“你、你们去吧，我和你父亲都会一直等着你回来。还有，万事要小心，不要强求。”
长门的父母也不忍将长门强行留下来，善良的他们也不能做到见死不救。
“我会的，母亲。”话刚说完，长门便带着小晴朝着她家的方向赶去。
刚一出门，长门就注意到外面的情况要比他想象中更加严重，不远处的村落中火光冲天，哭喊声与哀嚎声隐隐传来。
也就是因为长门的家位处在村子的偏远处、所以还没有遭受到波及。
而小晴的家则处在村子的边缘，虽然不用深入村子中心，却也承担着不小的风险。
“长门伯伯，我、我害怕。”
跟在长门身边的小晴何曾见到过这种场面，已经被吓得六神无主。
“没事我会保护你的，现在我们赶紧朝你们家的方向赶去。”说罢长门便牵起小晴冰凉的小手，朝着一个方向赶去，他记得小晴的家所在的方位。
只是由于长门身体虚弱，小晴又还太小，所以两人赶路的速度并不算快。
长门本想通灵出地狱犬或者是铁犀牛载着自己和小晴赶路的，却又担心目标太大会吸引敌人的注意力，所以两人只得步行赶路。
当长门和小晴赶到时，就已经可以看到小晴的家中同样有火光传来。
“爸爸妈妈！”
此刻小晴对父母的关心战胜了恐惧，瘦小的身影朝着自己家跑去。
见此情景，长门也只得快步跟上，并做好了随时战斗的准备。
“啊啊啊啊！”
小晴的惊叫声突然爆发，在她的瞳孔中倒映出来的，是倒在血泊中的小晴父母。
根部的做事风格一成不变，宁可杀错，绝不放过。小晴的父母都被根部的忍者割开了喉咙，早就气绝身亡了。
《阵之书》原文记载，志村团藏为了实现自己对忍者的理想的需要，成立了暗部养成部门。
这个组织位于木叶的影子底下，将树根深深扎进黑暗里，最大的目的就是在暗中消灭会妨碍村子繁荣的障碍。为此，他们执行任务时不择手段，这正象征着团藏的“忍之黑暗”，是一个无情且残酷的组织。
由于猿飞日斩在继任火影后没能有效延续二代目火影千手扉间治理宇智波一族的基本方针，导致让团藏背负起了村子的黑暗，团藏由此获得以暗部培训部的名义成立了隶属于自己的独立组织“根”的权利。
在《疾风传卡卡西暗部篇》中，“根”成员曾奉团藏之命，组建十人队伍执行对在九尾之乱结束后重新上任的三代目火影实行暗杀，但由于曾被拉拢的旗木卡卡西的倒戈而失败。
在宇智波灭族事件之后，猿飞日斩下令解除团藏“火影辅佐”的职务，并让团藏将“根”解散。
虽然“根”在宇智波灭族事件后就已经解散，但仍有不少成员继续在暗部任职，甚至继续效忠于“根”。若干年后，该组织因得到了木叶两大顾问水户门炎和转寝小春的支持而重新恢复建立。
《阵之书》原文记载，根的队员是由团藏直接招募组成，团藏选择的对象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等。
队员需要接受“消灭自我“的训练，为了守密，也会对他们施加咒印，团藏彻底将他们培养成完全执行任务的棋子。
所谓“根”之人，没有名字、亦无感情。没有过去，无未来。心中只有任务，在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的“根”的意志。
“根”成员佩戴的面具比火影直属暗部的面具要更加丰富多彩，并不只限于仿照动物的面部。
“果然就是志村团藏手下的根组织。”
长门一眼便认出了对方的身份，推测出应该是团藏在上次交手撤离后，派来寻找自己的。
而这些村民，包括小晴的父母，都是被自己牵连住的牺牲者。
为此，长门心中惭愧。他一把将小晴拉回身边，挡在了身后。小晴刚刚的叫声，也惊动了前方的两名根部忍者。
“那边，还有两个漏网之鱼。”
两名佩戴着面具的面具的根部忍者转身朝着长门和小晴的方向杀来。
“嗖嗖嗖嗖！”
四只苦无朝着长门和小晴的方向飞来，在这两名根部忍者眼中，解决掉长门和小晴这两个孩童就像踩死一只蚂蚁那样简单。
“不对，那双眼睛是？”
忽然其中一名根部忍者发现了长门眼眶中那一双淡紫色的眼睛。
“那就是团藏大人要找的轮回眼？”
“应该没错，淡紫色的眼睛再加上神秘的花纹，就是轮回眼没错了。”
在确定了目标后，两名根部忍者十分兴奋。能够完成团藏大人的任务，两人一定会得到团藏的嘉奖。
这些根部忍者，已经被团藏训练出了奴性。
根组织的成员大多来自战争孤儿、叛忍后代、实验体，他们从幼年就被团藏选中，经历地狱般的筛选：
1 .幼年淘汰制
- 5-6岁开始训练，10岁前必须掌握基础暗杀术
-同期竞争：每10人中只有1人能活到最后。
2 .无感情化筛选
-必须亲手杀死同伴或亲人（如佐井被迫“处理“自己的哥哥）
-失败者会被直接处决，尸体用于实验。
3.咒印控制
-活下来的人会被植入舌祸根绝之印，无法透露任何关于根的情报
-违抗命令者会被咒印反噬而死（如佐井试图背叛时险些丧命。
根组织的信条：“感情是多余的，任务高于一切。”
根组织的训练不仅仅是体术和忍术，还包括心理摧残、药物强化、人体改造：
1 .极限体能训练
-每天20小时高强度训练，包括：
-无休止的暗杀演习（成员互相偷袭，重伤是常态）
-毒抗测试（被迫服下剧毒，靠自己调配解药）
-饥饿生存（连续一周不进食，只靠偷窃或吃同伴尸体存活。
2.幻术精神折磨
-长期被施加幻术拷问，模拟最痛苦的死亡体验
-许多人因此发疯，活下来的彻底丧失恐惧感
3.禁术与人体实验
-团藏和大蛇丸合作，对根成员进行初代细胞移植
-失败者会变成树木（如大和是唯一存活者）
-部分成员被改造成人型兵器。
三、精神摧残：从人到工具的蜕变。
根组织最可怕的地方不是肉体折磨，而是彻底摧毁人性：
1.代号取代名字
-成员没有真实姓名，只有代号（如佐井原名“丑”，信是“未”）
-名字被抹去，象征“过去的自己已死“
2.禁止拥有羁绊
-任何友谊、亲情都会被团藏视为“弱点“
-佐井因偷偷画画（表达感情）被严厉惩罚
3.任务高于生命
-根成员可以毫不犹豫地自杀式攻击（如刺杀三代火影的忍者）
-失败=死亡，没有撤退选项。
例如：-佐井：从小被洗脑，直到遇见鸣人才找回人性。
-信（克隆体）：被灌输虚假记忆，最终为任务自爆。
-大和（天藏）：初代细胞实验唯一幸存者，长期被团藏控制。
四、根组织为何比晓组织更可怕？
虽然晓组织由S级叛忍组成，但晓组织的恐怖在于系统性制造杀戮机器：
团藏的终极目标：“根是木叶的黑暗面，必须用最残忍的方式培养'完美忍者'。“
五、根组织的结局：黑暗训练体系的崩塌。
随着团藏死亡，根组织解散，但它的影响仍在：
-佐井成为正规暗部，但仍有心理阴影
-大和被鸣人感化，但初代细胞的后遗症伴随终生
-许多前根成员无法适应正常生活，最终选择自杀或流浪。
岸本的隐喻：
根组织的训练象征着战争对人性的摧残，而鸣人的“忍者新时代“正是对这种黑暗的否定。根组织的训练是火影最黑暗的一页。
如果说大蛇丸的人体实验是疯狂科学家的行为，那么根组织的训练则是国家认可的“合法暴行“。它用最极端的方式制造忍者，却也彻底摧毁了人性。
说到这里也不得不佩服志村团藏，他凭借自己的意志打造出了这一支完美的工具。
画面回到现场。
“神罗天征。”
长门面对根部忍者的袭击，果断发动了轮回眼的能力，那四只苦无反向朝着根组织的忍者倒飞出去，瞬间便刺入了两名根组织忍者的身体。
“噗噗噗噗！”
被苦无击中的两名根部直接倒飞出去，朝着废墟中狠狠地砸了过去。
“这是……什么能力？”
“难道是……轮回眼的能力吗？”
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